最常見的原因是（1）在使用脈動式鼻腔溫鹽水療法時，務必記得不要吞口水、吐口水、或講話。如果想吞口水時，記得先將機器的開關暫停，等吞完口水後再啟動開關繼續沖洗。因為在使用脈動式鼻腔溫鹽水療法時，水是由一側鼻腔進去，繞經鼻咽部，再由另一側鼻腔流出來。所以在沖洗時，鼻咽部一直都有水，此時如果作吞嚥口水等動作，耳咽管可能會張開，而使鼻咽部的水可能經由耳咽管往中耳腔的方向流過去，此時就會感覺耳朵疼痛或感覺有水流到耳朵內，聽聲音不太清楚了。（2）剛沖洗完時，不要用力擤鼻涕。用力擤鼻涕時，可能會將鼻腔內的水或鼻涕經由耳咽管打到中耳腔中。 雖然這些症狀很快就會消失，但是如果您使用時稍微注意，就不會發生了。
** 另外還有一種情況，會在沖洗時覺得耳朵有短暫撕裂疼痛的感覺，那就是鼻腔完全堵塞時。此時因為水無法順暢的流進去，勉強使用時，耳朵會因為鼻腔壓力的關係,，而覺得有如撕裂般的疼痛，此時暫停使用即可。